La Comisión de Ética de la Asociación se constituyó el 14 de diciembre de 2007 y está compuesta por los siguientes integrantes:

• Luis Weinstein, psiquiatra con larga trayectoria en organizaciones de la sociedad civil y trabajo social
• Moisés Sánchez, director ejecutivo de Proacceso
• René Maluenda, director de ONG Sedej
• Ana María Ordenes, directora de ONG SOL
• Carlos Salgado, director de ONG TAF.

Esta Comisión tiene como funciones:

1. Fomentar la difusión y conocimiento del presente Código de conducta entre las ONG afiliadas.
2. Velar por el cumplimiento del Código de conducta entre las ONG afiliadas.
3. Interpretar el Código y asesorar a las ONG en su aplicación.
4. Resolver los conflictos y situaciones que sean sometidos a su conocimiento por las ONG afiliadas.

En la primera sesión los integrantes eligieron a René Maluenda como presidente de la Comisión a Ana María Ordenes como Secretaria.